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Una de las teorías de su creación dice que en este lugar se encontraba la residencia del famoso comerciante del período Edo, Kinokuniya Bunzaemon. Durante los años posteriores (desde 1716 hasta 1736), se convirtió en la residencia Edo del señor del castillo de Sekiyado, Shimofusa-no-kuni (parte de la actual Chiba) y empezó a tomar la forma de jardín.
En 1878, el fundador de Mitsubishi, Iwasaki Yataro, adquirió esta propiedad para convertirla en un jardín de recreo de sus empleados y para la recepción de invitados distinguidos. Tras las fases de diseño y construcción, el jardín se inauguró en 1880 con el nombre de "Fukagawa Shimbokuen". Posteriormente, se canalizaron las aguas del río Sumida para que llenaran el estanque del jardín. Se construyeron colinas y cascadas sin agua y se trajeron rocas y piedras de todo Japón para decorar el jardín. En el período Meiji finalizó la construcción del jardín, que se convirtió en un diseño de circuito de paseo, repleto de árboles y centrado alrededor de un gran estanque. El 31 de marzo de 1979, este jardín fue denominado como lugar de pintoresca belleza por el gobierno metropolitano de Tokio. En el pasado, el jardín albergaba un edificio de ladrillo rojo de estilo Tudor diseñado por el arquitecto inglés Josiah Condor. No obstante, este edificio quedó destruido tras el gran terremoto de Kanto en 1923.