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Durant la période Bunka-bunsei, de 1804 à 1830, une culture bourgeoise et populaire s'épanouit à Edo. L'antiquaire Sawara Kiku-u, avec l'aide d'amis artistes, fait construire un jardin pour se délecter de l'éclat des fleurs. Le nom 《Hyakka-en》 signifierait 《le jardin où s'épanouissent mille fleurs des quatre saisons》. A l'ouverture, le jardin se composait essentiellement de 360 abricotiers du Japon. Des années plus tard, la flore mentionnée dans la littérature et la poésie chinoise et japonaise, rejaillit à travers tout le jardin. Figure des quatre saisons, le visiteur savourera les fleurs de Mukojima Hyakka-en été comme hiver. Mukojima Hyakka-en est le seul jardin de fleurs de l'époque Edo conservé jusqu'à nos jours.
En 1938, afin de le préserver, le jardin fut cédé à la Ville de Tokyo par son propriétaire et dès 1939, la municipalité décida l'ouverture payante au public. En 1978, dans le cadre de la Loi pour la préservation des propriétés culturelles, le jardin fut désigné par l'Etat Site exceptionnel et Site historique.