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L' emplacement du jardin serait, semble t-il, l'ancienne résidence de Kinokuniya Bunzaemon, un puissant commerçant de l'époque d'Edo. Entre 1716 à 1736, le seigneur du Château Sekiyado (autrefois Shimousa-no-kuni) transforme cette propriété en une résidence de fonction dont la configuration principale du jardin date de ces années.
En 1878, Iwasaki Yataro (fondateur de Mitsubishi) choisit cette propriété et ce jardin pour y recevoir des convives et assurer à ses employés un lieu de plaisir et de repos. Baptisé Fukagawa Shimboku-en, le jardin fût ouvert en 1880. Des travaux d'embellissement continuèrent après l'ouverture du jardin : l'eau de la rivière Sumida fut acheminée jusqu' à l'étang et l'aménagement de collines artificielles et de roches précieuses en provenance de tout le Japon achevé. Grâce à ces travaux, le jardin devint l'un des jardins typiques de l'époque Meiji de style Kaiyu-shiki-rinsen-teien (jardins-promenade avec arbres et étang). Le 31 mars 1979, le jardin fut designé Site exceptionnel par la Ville de Tokyo. Ce jardin sauva la vie de beaucoup de Tokyoïtes venus s'y réfugier lors du grand séisme de Kanto de septembre 1923 mais également lors du bombardement de mars 1945.